Na pewno nie wina sprzętowa, spokojnie. :)
MIDI to standard cyfrowy i tak też jest obsługiwany. Coś musi być źle ustawione. Sterowniki audio nie mają tutaj nic do rzeczy, szczególnie jeżeli połączasz się kontrolerem przez USB. System wtedy łapie własne standardowe sterowniki, jeżeli masz jakieś dostarczone powinieneś je zainstalować, chociaż rzadko kiedy są dodawane do prostych kontrolerów.
Jeżeli jesteś pewny że nie grasz po prostu nie równo i że latencja jest stosunkowo niska w okolicach 512 sampli to w takim razie będzie to problem z zegarem MIDI który odpowiada za dokładność. Timestamp się to nazywa dokładnie. Coś tutaj musi być skopane.
Poczytaj ten artykuł -
www.soundonsound.com/sos/dec07/articles/cubasetech_1207.htm
W Reaperze ustawienia timestamp zmieniasz na liście urządzeń MIDI wybierając preferencje podłączonego kontrolera. Domyślnie jest zawsze ustawione aby to R wybierał automatycznie, możesz przetestować inne ustawienia.