Różnice są na pewno. Kwestia... hmm... nazwijmy to stabilności. Pliki MIDI tylko idą do instrumentów które są odgrywane, a one za każdym razem mogą to robić inaczej, szczególnie takie biblioteki gdzie sample są zawsze losowe nawet pod jednym klawiszem. Jakiś plugin może się zawiesić, automatyka inaczej podziała i tak dalej. Eksportując już gotowe ścieżki audio uzyskuje się spójny materiał, można ocenić czy jest dobry i jeżeli tak to taki już zawsze pozostanie, tak jak wykonana partia na instrumencie.
Nie ma nic złego w robieniu miksu na już gotowych ścieżkach audio, dużo osób nawet poleca ten typ pracy. Ja mam z tym taki problem, że lubię pracować równocześnie nad wieloma rzeczami i często kompozycja miesza mi się z aranżacją i produkcją czy nawet wstępnym miksem żeby już słyszeć co i jak. Wynika potem z tego taka sytuacja że ciągle coś poprawiam i operacje na MIDI są naprawdę przydatne kiedy okazuje się, że dodanie/usunięcie paru nut daje lepszy efekt. Na ścieżce audio byłoby to już niemożliwe do wykonania.
Kwestia sposobu pracy. Jednak ostatnio często robię miks na plikach audio z tego względu, że takie ścieżki łatwiej przechowywać. Wielokrotnie miałem sytuacje, że po kilku latach nie posiadałem już instrumentów z których kiedyś korzystałem. Eksportując ścieżki ma się natychmiastowy dostęp do utworu, można coś dodać, coś odjąć, inaczej zmiksować, zrobić remiks i tak dalej. W najgorszym wypadku przepadną wtyczki efektowe na których był zrobiony projekt miksu a ścieżki dalej będą i zawsze można to zrobić od nowa. Kluczowa też jest wygoda z zasobami procesora, pracuje się lekko i przyjemnie, na plikach audio projekt chodzi jak luksusowe auto w porównaniu z takim zapchanym z wtyczkami.