Musiałbyś podłączyć tą klawiaturę do osobnego wejścia przez interfejs MIDI. MPD32 ma takowy interfejs wbudowany i łączy się za pomocą kabla USB. W tym momencie podłączając MPD do komputera a klawiaturę do MPD naciskając klawisze sterujesz MPD który to steruje komputerem. MPD robi wtedy za pośrednika. Nie jestem w stanie określić dlaczego to teraz nie działa, za mało danych, nie napisałeś nawet do jakiej aplikacji chcesz to ustawić, takie rzeczy niestety trzeba samemu ustawić i pokombinować widząc o co chodzi, nie na odległość.
Najlepszym rozwiązaniem będzie po prostu kupienie interfejsu MIDI, na Allegro są takie małe kable MIDI -> USB, powinno wystarczyć do takich prostych operacji. Zyskasz nie tylko działanie klawiatury ale niezależność urządzeń, MPD jak i klawiatura będą osobno. Ewentualnie sprzedać Yamahę i kupić normalną klawiaturę na USB.